Іван Велямин народився в с. Рута, недалеко Новгородка на Білій Русі, в 1574 році. Його батько Фелікс Велямин походив з Московщини, звідки переїхав на Білорусь, уникаючи переслідувань від Івана Грозного і там, отримав від польського короля Зиґмунда-Августа хутір Рута. З того часу, родина Веляминів почала додавати до свого прізвища нове: Рутські.
В тих часах серед українсько-білоруської шляхти поширювався кальвінізм, на який перейшов також Фелікс Рутський, однак його сина охрестив не кальвінський пастор, а місцевий парох за східним обрядом, давши йому хресне імʼя Іван.
Коли Іван підріс, батьки віддали його на науку до кальвінської школи у Вільні. Там Іван почав ходити до церкви Отців Єзуїтів слухати проповіді, які йому дуже подобалися, але вчителі кальвінської школи йому це забороняли. З того часу, Іван почав сумніватися в правдивості кальвінської науки.
В 1590 р., батьки дали його на навчання до Праги, де він студіював в Карловім університеті. Тут, під проводом визначного Єзуїта о. Крісляка, Рутський прийняв католицьку віру в латинському обряді, у 1592 році. Вже у Празі, Рутський хотів вступити до Ордену Отців Єзуїтів, але раптово захворів і від цього наміру йому прийшлося тоді відмовитися.
У 1953 р., за порадою Єзуїтів, Рутський виїхав до Вюрцбурга, в Західній Німеччині, де три роки вивчав філософію й закінчив навчання науковим ступенем у 1596 р.
Після смерті батька, а також отримавши пересторогу від своєї матері позбутися матеріального утримання із-за прийняття католицької віри, Рутський вирішив виїхати на навчання до Риму, хоч і знаходився в скрутному матеріальному становищі.
Під час навчання в грецькій колегії, після довгих вагань, Рутський прийняв тут східний обряд, хоч і знав про сумний стан Української Церкви. В цьому рішенні, на нього вплинула розмова з Папою Климентом VIII, який перед тим прийняв Українську Церкву до єдності з Вселенською Католицькою Церквою.
В 1603 р., Рутський закінчив богословські студії в Римі, і з волі Святішого Отця поїхав до Білорусі, де мав працювати над утвердженням щойно здійсненої Унії.
У Вільні, тамошній Митрополит Іпатій Потій з недовірʼям прийняв Рутського і відмовився уділяти йому священичі свячення, беручи до уваги його кальвінське виховання і перехід на латинський обряд.
Однак це, хоч і розчарувало Рутського, але також спонукало його шукати інші способи бути корисним для справи Унії.
Він заснував у Вільні школу для хлопців, яких не тільки навчав, але й харчував та одягав за власні кошти, чим викликав подив серед сенаторів й шляхти. Також часто брав участь в прилюдних дискусіях, під час яких відстоював Унію та Христового Намісника, і багатьох переконував в правдивості своїх суджень.
В той час Іван Рутський познайомився з купецьким помічником у Вільні – Іваном Кунцевичем і в скорому часі з ним щиро заприязнився.
Серед своїх щоденних справ, Рутський серйозно задумувався над Реформою Східної Церкви. В рамках цих задумів, навіть пропонував Генеральному Настоятелю Кармелітів Босих заснувати в Литві східну вітку цього Ордену.
У 1605 р., кармелітський місіонер о. Павло Симеон, як папський легат їхав до Персії через Москву і в цю подорож взяв з собою І. Рутського.
В Москві він пробув до березня 1606 року, а в квітні поїхав до Риму, де представив Святішому Отцю програму зʼєднання Церков. Крім східних віток латинських Чинів, він запропонував тоді в Римі ще й реформу Василіян.
Повернувшись до Вільна, Рутський застав свого приятеля Кунцевича в Святотроїцькому монастирі, як монаха Йосафата. Святість цього молодого ченця захоплювала Рутського і він тоді зрозумів, що коли виховається молоде покоління таких Василіян, то стан Української Церкви одразу покращиться.
Отримавши й сам від Христа покликання, 7 вересня 1607 р., Іван Рутський вступив до Монастиря Святої Трійці у Вільні, а наступного дня, з рук Митрополита Потія, прийняв чернечу рясу і нове монаше імʼя Йосиф. 1 січня 1608 р. склав чернечі обіти і досвідчив незвичайного спокою, переконавшись, що грецький обряд та Українська Церква стали йому рідними.
Разом з Йосафатом Кунцевичем, Йосиф Рутський відновив Святотроїцький монастир і чернечу карність та науку в ньому.
В 1611 р., Митрополит Потій іменував його Святотроїцьким Архимандритом, і того ж самого року висвятив його на свого помічника, з титулом Галицького єпископа й правом наслідства.
У 1612 р., Митрополит Потій передав Рутському управління всієї Митрополії, а після смерті Митрополита, Рутський вступив на митрополичий престол в 1614 році.
30 жовтня 1615 р., Папа Павло V підніс Митрополита Рутського до гідності Асистента папського трону. Крім цього, Митрополит отримав від Папи багато привілеїв для своєї Митрополії і стипендій для навчання своїх ченців в Папських колегіях Європи.
Після повернення з Риму почав працювати над реорганізацією Василіянського Чину і упорядкуванням монаших правил в дусі Св. Василія Великого. Свої ідеї він поступово втілював в життя і з часом Василіянський Чин став структурно-упорядкованим, стрімко розвивався в духовному та інтелектуальному плані й служив поширенню єдності Церков.
Рутський приклав неабиякі зусилля для утвердження церковної Унії і до кінця свого життя самовіддано працював для цієї справи.
Помер Митрополит Рутський 5 лютого 1637 року у Дермані, а поховали його у Вільні, звідки у 1655 році московські війська вивезли його домовину в невідоме місце.
Папа Урбан VIIIназвав Рутського «Колюмною Церкви, Атлантом Унії, Атанасієм Руси». А Папа Григорій XVвідзначав його «непохитність побожності та світлий ум, що посвятив себе і всі свої сили за гідність католицької релігії».